Theo Cục Hải quan TP.HCM, năm 2015 đơn vị này được Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan giao chỉ tiêu phấn đấu thu nộp ngân sách Nhà nước 100.000 tỷ đồng, chiếm gần 1/3 số thu của ngành hải quan.

Tuy nhiên, theo Cục Hải quan TP.HCM, từ ngày 1/1/2015 đến nay, khi thực hiện Thông tư 165/2014/TT-BTC ngày 14/11/2014 của Bộ Tài chính ban hành biểu thuế ưu đãi đặc biệt giai đoạn 2015-2018 đối với C/O mẫu D, Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 3 đã ban hành quyết định hoàn thuế cho các doanh nghiệp khoảng 1.630 tỷ đồng.

Theo tính toán, trong tháng 8 và tháng 9/2015, các doanh nghiệp sẽ tiếp tục nộp hồ sơ (C/O mẫu D) để hoàn thuế với số tiền khoảng 570 tỷ đồng. Số thuế này sẽ được hoàn cho doanh nghiệp trong các tháng tiếp theo.

Ngoài ra, giá xăng dầu diễn biến giảm sâu trong thời gian qua đã ảnh hưởng không nhỏ đến số thu ngân sách của đơn vị. Hiện nay, mức giá dầu thô đã giảm xuống mức kỉ lục chỉ còn 40 USD/thùng trong khi dự toán trước đó của đơn vị này là 100 USD/thung. 

Theo Cục Hải quan TP.HCM, tình hình diễn biến giá dầu thế giới bất ổn dẫn đến thu ngân sách Nhà nước từ nguồn xăng dầu giảm đáng kể do giá nhập khẩu thấp, mức thuế thấp, lại vừa phải hoàn thuế theo mức thuế ưu đãi đặc biệt. 

Thực tế này sẽ ảnh hưởng rất lớn đến việc phấn đấu hoàn thành chỉ tiêu thu 100.000 tỷ đồng của Cục Hải quan TP.HCM.

Tính đến ngày 26/8, thu ngân sách TPHCM đạt 58.838 tỷ đồng, đạt 65,38% so với chỉ tiêu kế hoạch 90.000 tỷ đồng và 58,83% chỉ tiêu phấn đấu (100.000 tỷ đồng).

Hà Bình