Tuy nhiên, nền công nghiệp dược trong nước (bao gồm công nghiệp bào chế và công nghiệp hóa dược) vẫn còn những hạn chế nhất định. Công nghiệp bào chế dược phẩm mới bước vào thời kỳ phát triển, chủ yếu mới sản xuất thuốc generic, phần lớn các doanh nghiệp chưa nghiên cứu, chưa sản xuất được các loại thuốc chuyên khoa đặc trị, thuốc có kỹ thuật công nghệ cao. Còn công nghiệp hóa dược trong nước cũng chưa phát triển do phụ thuộc nhiều vào các ngành công nghiệp hóa chất, công nghiệp hóa dầu cũng đang trong trình độ tương tự. Những hạn chế này dẫn đến việc Viêtj Nam chưa chủ động được nguyên phụ liệu cũng như các loại thuốc chuyên khoa đặc trị, thuốc có kỹ thuật công nghệ cao. Hiện Việt Nam đang phải nhập khẩu khoảng 90% nguyên phụ liệu, 50% giá trị thuốc thành phẩm, đặc biệt với nhóm thuốc đặc trị, thuốc có công nghệ cao. Đây là nguyên nhân khiến thị trường dược Việt Nam thường xuyên có biến động về giá bởi vì gần 50% phụ thuộc vào thị trường nhập khẩu.
Vai trò của doanh nghiệp dược trong nước trong việc phát triển công nghiệp dược, quân bình cung cầu để ổn định thị trường dược giữ một vai trò rất quan trọng. Đây là khu vực đối trọng với doanh nghiệp nước ngoài, là lực lượng đáng kể tham gia bình ổn giá. Hiện nay, nhiều doanh nghiệp đã tự đầu tư vốn, công nghệ thiết bị hiện đại, đổi mới công tác quản lý, phát triển sản phẩm, đào tạo và phát triển nguồn nhân lực, triển khai xây dựng các nhà máy theo tiêu chuẩn GMP. Thuốc sản xuất trong nước đã phát triển cả về số lượng, chất lượng, giá cả hợp lý, thậm chí đã có sản phẩm xuất khẩu. Tỷ trọng thuốc sản xuất trong nước đã đạt tỷ trọng 51,3% so với tổng tiền thuốc của toàn xã hội.
Tuy nhiên, nếu nhìn khách quan thì con số 51,3% của năm 2007 chưa phải là cao nếu so sánh với các quốc gia có nền công nghiệp dược phát triển như Mỹ, Nhật Bản. Đó là do việc đầu tư của doanh nghiệp vào các nhà máy theo tiêu chuẩn GMP với công nghệ cao và đắt tiền đa phần phải thực hiện bằng nguồn vốn vay. Chỉ có các dự án dược phẩm sản xuất kháng sinh, dịch truyền và vaccine mới được hưởng hỗ trợ của nhà nước về lãi suất ưu đãi vốn vay đầu tư. Bên cạnh đó, việc đầu tư đó cũng đòi hỏi có sở vật chất kỹ thuật, nhà xưởng, thiết bị công nghệ và công tác quản lý, nghiên cứu sản phẩm, đào tạo nguồn nhân lực có chuyên môn kỹ thuật cao. Trên thực tế, không phải doanh nghiệp nào cũng đủ tiềm lực để đầu tư đồng bộ, ngoại trừ những DN có năng lực, làm ăn hiệu quả.
Để phát triển ngành dược thành một ngành kinh tế mũi nhọn theo hướng CNH - HĐH, cần xác định định hướng đầu tư trong lĩnh vực này theo các bước cụ thể như sau:
+Bản thân các doanh nghiệp dựa vào lợi thế của mình phát huy nội lực, tăng cường hợp tác đầu tư với các doanh nghiệp nước ngoài để đầu tư xây dựng các nhà máy sản xuất dược phẩm theo tiêu chuẩn GMP, nâng cao chất lượng nguồn nhân lực, phát triển phương án sản phẩm. Đồng thời, cần đầu tư cho công tác nghiên cứu, tiếp nhận chuyển giao kỹ thuật công nghệ sản xuất, chuyển nhượng bản quyền sản xuất sản phẩm mới, đặc biệt là các mặt hàng thuốc chuyên khoa đặc trị, thuốc có ký thuật công nghệ sản xuất cao để nâng cao năng lực, số lượng, chất lượng, sức cạnh tranh và thương hiệu của dược phẩm trong nước.
+Chính phủ nên tiếp tục khuyến khích các doanh nghiệp trong nước đầu tư vào lĩnh vực công nghiệp dược trong giai đoạn trước mắt với ưu đãi là hỗ trợ lãi suất ưu đãi vốn vay đầu tư cho tất cả các dự án đầu tư nhà máy sản xuất dược phẩm thay vì mới chỉ ưu đãi cho các dự án đầu tư sản xuất thuốc kháng sinh Betalactam, dịch truyền và vaccine. Về lâu dài, Nhà nước nên có chính sách khuyến khích phát triển công nghiệp hóa dược để chủ động nguồn nguyên liệu cho sản xuất dược phẩm.
+Bộ Y tế hạn chế nhập khẩu những mặt hàng thuốc có mà các doanh nghiệp trong nước đã sản xuất được và có chất lượng, đồng thời chỉ đạo các bệnh viện ưu tiên sử dụng thuốc trong nước có chất lượng được sản xuất trên các dây chuyền GMP.