Tuy nhiên, từ sau Tết Nguyên đán đến nay, do khan hiếm nguyên liệu nên hầu hết nhà máy chế biến thuỷ sản trên địa bàn tỉnh Khánh Hoà đều hoạt động cầm chừng.
Một số doanh nghiệp đã và đang mua gom hải sản từ các địa phương khác hoặc nhập khẩu nguyên liệu của nước ngoài để duy trì hoạt động. Tình trạng này còn kéo dài đến hết tháng giêng, khi các đoàn tàu đánh cá ngoài khơi trở về, nhưng dự báo 2008 sẽ là năm cực kỳ khó khăn của ngành chế biến thuỷ sản, bởi vì giá nguyên liệu tăng cao do giá xăng dầu, vật tư đều tăng; đó là chưa kể không ít chủ tàu tạm ngừng đánh bắt vì thiếu vốn lưu động.
Theo Vụ Nuôi trồng thuỷ sản - Bộ NNPTNT, hàng năm khu vực ĐBSCL thả nuôi từ 25 - 30 tỉ con tôm sú giống trên diện tích hơn 600.000 hécta. Tuy nhiên, nguồn tôm sú giống sản xuất tại chỗ chỉ đáp ứng 30 - 40%, số còn lại nhập từ miền Trung, hầu hết không được kiểm dịch đúng quy định. Theo các chuyên gia thuỷ sản, tỉ lệ tôm sú giống nhiễm bệnh khá cao, có thể trên 50%, nhưng số bị phát hiện và tiêu huỷ rất ít.