Thực hiện Luật Thuế GTGT có hiệu lực từ ngày 1/1/2009 và Nghị định của Chính phủ, Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật, Cục Hải quan Lạng Sơn đang gặp một số vướng mắc liên quan đến nhắm mặt hàng máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư sản xuất thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần NK để tạo tài sản cố định có thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
Thông tư của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật. Tại khoản 17 Điều 5 Luật Thuế GTGT có quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT là máy móc, thiết bị vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần NK để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ; máy móc, thiết bị, phụ tùng thay thế, phương tiện vận tải chuyên dùng và vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần NK để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu, khí đốt; tàu bay, dàn khoan, tàu thuỷ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần NK tạo tài sản cố định của DN, thuê của nước ngoài sử dụng cho sản xuất, kinh doanh và để cho thuê. Như vậy, theo Luật thuế này thì từ ngày 1/1/2009, máy móc, thiết bị, phương tiện vân tải chuyên dùng nằm trong dây truyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần NK để tạo tài sản cố định của DN thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
Tuy nhiên, Luật Thuế GTGT, các văn bản hướng dẫn Luật này và quyết định số 16/2009/QĐ-TTg ngày 21/1/2009 của Thủ tướng Chính phủ (ban hành một số giải pháp về thuế nhằm thực hiện chủ trương kích cầu đầu tư và tiêu dùng, ngăn chặn suy giảm kinh tế, tháo gỡ khó khăn cho DN) không đề cập đến có thực hiện thu thuế GTGT đối với các dự án đầu tư có hàng hoá NK thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại Thông tư 32/2007/TT-BTC ngày 9-4-2007 đã thực hiện NK một phần trong năm 2008 và hiện đang tiếp tục NK trong năm 2009 và các dự án đầu tư đã được duyệt nhưng chưa tiến hành NK trước ngày 1/1/2009 hay không?
Thực hiện chỉ đạo của Bộ Tài chính tại công văn số 865/BTC-TCHQ ngày 20/1/2009, Cục Hải quan Lạng Sơn đã chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc tạm tính thuế, nhưng chưa thực hiện thu thuế GTGT đối với các trường hợp trên do việc thu thuế GTGT sẽ gây khó khăn cho DN và ảnh hưởng đến giá thầu của dự án, không phù hợp với hồ sơ đã đăng ký.
Tuy nhiên, vấn đề này rất cần được Tổng cục Hải quan Hướng dẫn thống nhất thực hiện.