Đối với hàng hoá xuất khẩu theo phương thức thanh toán bù trừ hàng đổi hàng, ngoài các giấy tờ được quy định tại điểm 14.a mục II, phần E Thông tư số 59/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007, doanh nghiệp phải cung cấp thêm Văn bản xác nhận của phía nước ngoài về số tiền thanh toán bù trừ giữa hàng hoá xuất khẩu với hàng hoá nhập khẩu, dịch vụ mua của phía nước ngoài quy định tại Phụ lục 1 ban hành kèm theo Thông tư số 59/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính nói trên.
Về thời hạn nộp hồ sơ hoàn thuế được quy định tại điểm 7.1, mục IV, phần E Thông tư số 59/2007/TT-BTC là 45 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai xuất khẩu.