Đối với Thuế TNDN, các dự án đầu tư vào Khu KTCK Cầu Treo được áp dụng mức thuế suất thuế TNDN là 10% trong 15 năm kể từ khi dự án đầu tư bắt đầu hoạt động kinh doanh, được miễn thuế TNDN trong thời gian 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế, được giảm 50% số thuế TNDN phải nộp trong 9 năm tiếp theo. Các dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất được miễn thuế TNDN cho phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mang lại tối đa là 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp tối đa là 7 năm tiếp theo.
Đối với thuế XNK, hàng hoá có xuất xứ từ nước ngoài từ Khu KTCK Cầu Treo nhập vào nội địa vào phải nộp thuế nhập khẩu theo quy định hiện hành. Hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại Khu KTCK Cầu Treo nếu phần giá trị hàng hoá xuất xứ ASEAN chiếm từ 40% trở lên, đảm bảo đủ điều kiện theo quy định hiện hành thì được áp dụng mức thuế suất nêu trên.
Đối với thuế TNCN, người lao động (kể cả người Việt Nam và người nước ngoài) làm việc và có thu nhập nhận được tại Khu KTCK quốc tế Cầu Treo là đối tượng chịu thuế TNCN được giảm 50% số thuế phải nộp.