Thời gian qua, Bộ Công Thương đã triển khai quản lý toàn bộ dữ liệu C/O điện tử thông qua Hệ thống này và từ tháng 4 đến nay, hệ thống eCoSys bắt đầu triển khai giai đoạn 3. Hiện, số C/O điện tử chiếm hơn 30% số lượng C/O được cấp mỗi ngày trên toàn quốc.
Để triển khai Hệ thống eCoSys đúng tiến độ và đạt hiệu quả cao, từ ngày 15/10/2008, Bộ Công Thương yêu cầu các doanh nghiệp xin C/O ưu đãi khai số liệu vào Hệ thống eCoSys, sử dụng chữ ký số đảm bảo tính bảo mật và chính xác của dữ liệu, để các Phòng Quản lý xuất nhập khẩu khu vực kiểm tra trước khi cấp. Sau khi các Phòng chấp nhận dữ liệu C/O điện tử trên Hệ thống eCoSys, các doanh nghiệp sẽ tiến hành việc xin xác nhận C/O giấy như bình thường.
Theo Bộ Công Thương, việc cấp C/O giấy chỉ được tiến hành sau khi đã có đầy đủ thông tin về C/O trên Hệ thống eCoSys. Vụ Xuất nhập khẩu, Cục Thương mại điện tử và Công nghệ thông tin cùng các Phòng Quản lý xuất khẩu phải có trách nhiệm hỗ trợ doanh nghiệp trong quá trình thực hiện khai báo này.