Theo đó, C/O phải được cấp sớm nhất trong thời hạn không quá ba 3 ngày làm việc kể từ thời điểm người đề nghị cấp C/O nộp hồ sơ đầy đủ và hợp lệ. Vụ Xuất Nhập khẩu - Bộ Công Thương sẽ là cơ quan đầu mối hướng dẫn, kiểm tra việc cấp C/O; thực hiện các thủ tục đăng ký mẫu chữ ký của người có thẩm quyền ký cấp C/O và mẫu con dấu của các Tổ chức cấp C/O của Việt Nam với Ban Thư ký của ASEAN và chuyển mẫu chữ ký của người có thẩm quyền ký cấp C/O và mẫu con dấu của các Tổ chức cấp C/O của các nước thành viên thuộc Hiệp định AJCEP cho Bộ Tài chính mà cụ thể là Tổng cục Hải quan.
Tổ chức cấp C/O có thể tiến hành kiểm tra tại nơi sản xuất trong trường hợp nhận thấy việc kiểm tra trên hồ sơ là chưa đủ căn cứ để cấp C/O hoặc phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật đối với các C/O đã cấp trước đó. Thời hạn xử lý việc cấp C/O không quá 5 ngày làm việc kể từ ngày người đề nghị cấp nộp hồ sơ đầy đủ. Thời hạn xác minh không được làm cản trở việc giao hàng hoặc thanh toán của người xuất khẩu, trừ trường hợp do lỗi của người xuất khẩu. Cùng đó, tổ chức cấp C/O có quyền từ chối cấp C/O trong một số trường hợp sau: người đề nghị cấp C/O chưa thực hiện việc đăng ký hồ sơ thương nhân; hồ sơ đề nghị cấp C/O không chính xác, không đầy đủ; người đề nghị cấp C/O chưa nộp chứng từ nợ; hồ sơ có mâu thuẫn về nội dung; nộp hồ sơ đề nghị cấp C/O không đúng nơi đã đăng ký hồ sơ thương nhân; mẫu C/O khai bằng chữ viết tay, hoặc bị tẩy xóa, hoặc mờ không đọc được, hoặc được in bằng nhiều màu mực; có căn cứ hợp pháp chứng minh sản phẩm không có xuất xứ theo quy định của Quy chế này hoặc người đề nghị cấp C/O có hành vi gian dối, thiếu trung thực trong việc chứng minh nguồn gốc xuất xứ của sản phẩm. Khi từ chối cấp C/O, tổ chức cấp C/O phải thông báo rõ lý do bằng văn bản cho người đề nghị cấp C/O biết trong thời hạn 3 ngày làm việc kể từ ngày từ chối.
Cùng theo quy định này, tổ chức cấp C/O sẽ thu hồi C/O đã cấp nếu C/O được cấp không phù hợp các tiêu chuẩn xuất xứ hoặc người xuất khẩu, người đề nghị cấp C/O giả mạo bất kỳ chứng từ nào trong hồ sơ đã nộp. Ngoài ra, Tổ chức cấp C/O sẽ đưa tên người xuất khẩu, người đề nghị cấp C/O đã giả mạo chứng từ, lời khai vào Danh sách cần áp dụng các biện pháp kiểm tra chặt chẽ hơn khi cấp C/O, đồng thời thông báo cho các cơ quan có thẩm quyền xử lý hành vi giả mạo chứng từ.