Phí vận chuyển hàng qua cảng Cần Thơ từ 15.000 đồng/tấn trước đây nay chỉ còn 5.500 đồng/ tấn. Cảng đã xây dựng 4 cầu phao tại Cần Thơ và 2 cầu phao tại huyện Thốt Nốt (nơi lúa gạo từ An Giang , Kiên Giang chuyển qua nhiều) cho 4 tàu neo đậu. Các tàu cặp vào cầu phao và chuyển thẳng sang tàu khác, sau đó chuyển đến địa chỉ cần đến, không phải bốc vác hoặc chuyển hàng qua kho trung chuyển. Nhờ đó, tiết kiệm được phí bốc vác, vận chuyển 9.500 đồng/ tấn.
Việc vận chuyển clanh-ke từ TPHCM về Cần Thơ cũng không phải qua kho trung chuyển tại cảng Sài Gòn như trước đây mà chuyển thẳng về Cần Thơ bằng phương tiện của cảng. Chi phí từ 45.000 đồng/ tấn nay chỉ còn 16.000 đồng/ tấn. Cảng còn xây dựng cầu cảng mới dài 160 mét, tiếp nhận được 2 tàu có tải trọng 5.000 tấn cùng lúc; mở rộng kho chứa lên 5.700 m2, bãi đỗ hàng rộng 27.000 m2, nâng công suất chứa hàng lên cao.
Nhờ đó, từ đầu năm đến nay, hàng hóa thông qua cảng có hơn 800.000 tấn (gần gấp đôi cùng kỳ năm trước) nhưng vẫn không bị quá tải, hàng được giải phóng nhanh, khách hàng hài lòng. Lợi thế nầy giúp cảng thu hút ngày càng nhiều khách hàng.