Theo Hiệp định khung về Hợp tác kinh tế toàn diện giữa Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á và Cộng hoà nhân dân Trung Hoa, trong trường hợp vì sai sót của cán bộ cấp giấy chứng nhận mẫu E hoặc vì các trường hợp bất khả kháng của người xin cấp giấy chứng nhận mẫu E, cơ quan cấp giấy chứng nhận xuất xứ cấp giấy chứng nhận mẫu E cho hàng hoá đã được giao trong thời hạn không quá một năm kể từ ngày giao hàng. Giấy chứng nhận Mẫu E được cấp trong trường hợp này phải ghi rõ “cấp sau và có hiệu lực từ khi giao hàng” (giá trị hồi tố) bằng tiếng Anh “Issued retroactively” và ghi vào ô số 12 của Giấy chứng nhận Mẫu E. Tuỳ từng trường hợp, nếu công ty xuất trình giấy chứng nhận xuất xứ mẫu E để hưởng ưu đãi và cơ quan hải quan thấy chưa hợp lệ thì có thể ngừng việc áp dụng các quy định về đối xử ưu đãi trong khi chờ kết quả kiểm tra hoặc bổ sung C/O hợp lệ.