Bản ghi nhớ về hợp tác thương mại và đầu tư giữa hai nước được ký kết đã mở ra cơ hội cho doanh nghiệp hai nước đẩy mạnh xuất khẩu. Theo thông tin từ Thương vụ Việt Nam tại Indonesia, dầu thô và gạo là hai nhóm hàng xuất khẩu chủ lực của Việt Nam vào Indonesia trong những năm vừa qua, chiếm tỷ trọng trên 70% tổng kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam vào thị trường này. Tiếp đó, một số mặt hàng khác Indonesia đang nhập khẩu của Việt Nam gồm: rau quả, hạt tiêu, sản phẩm gỗ, hải sản, than đá, giày dép, dệt may,sản phẩm nhựa, xe đạp và phụ tùng, cao su. Từ năm 2006, Indonesia trở thành một trong 7 nước trong khu vực châu Á nhập khẩu hàng hoá từ Việt Nam đạt kim ngạch trên 1 tỷ USD. Kim ngạch xuất nhập khẩu giữa 2 nước năm 2006 là 1,9 tỷ USD, 2007 là 2,4 tỷ USD và năm 2008 là 2,52 tỷ USD. Mục tiêu thương mại 2 nước hướng đến là sẽ cân bằng cán cân thương mại giữa 2 bên. Hiện kim ngạch nhập khẩu đang nghiêng về phía Việt Nam.
Bộ trưởng Indonesia cho biết, năm 2008 đã có nhiều mặt hàng xuất khẩu của Việt Nam sang thị trường này tăng trưởng mạnh về khối lượng như sản phẩm dầu thô, gạo, cà phê, chè, cao su… Mặt hàng lạc nhân (đậu phộng) sau nhiều năm mất thị trường, nay cũng đã lại xuất được hơn 5.000 tấn với trị giá trên 3,5 triệu USD. Những mặt hàng mới của Việt Nam như đường, gốm sứ cũng đã có chỗ đứng trên thị trường Indonesia.
Ngược lại, các hàng hoá Việt Nam đang nhập từ Indonsia là: nguyên liệu thuốc lá, xăng dầu, lúa mì, hoá chất, chất dẻo nguyên liệu, thuốc bảo vệ thực vật, nguyên liệu thức ăn gia súc, bột giấy, giấy các loại, gỗ nguyên liệu, sợi vải, bông, vải nguyên liệu, nguyên phụ liệu dệt may da giày, sắt thép, kim loại, kính xây dựng, máy tính, linh kiện điện tử, thiết bị máy móc, linh kiện phụ tùng ôtô và xe máy.
Indonesia là thị trường khá lớn với dân số hơn 200 triệu người, đây là quốc gia có số lượng người theo đạo Hồi đông nhất thế giới. Trong thời điểm bị tác động từ cuộc khủng hoảng tài chính của thế giới, hoạt động xuất khẩu của Indonesia cũng gặp nhiều khó khăn. Cũng như Việt Nam, Indonesia đang chủ trương quay lại củng cố và thúc đẩy thị trường nội địa, kích thích nhu cầu tiêu dùng của người dân trong nước. Trong năm 2009, Đại sứ quán Indonesia dự kiến sẽ xúc tiến triển khai hoạt động đào tạo tiếng Indonesia tại Việt Nam để tăng cường mối giao lưu văn hoá giữa 2 nước.
Theo Bộ trưởng Bộ Thương Mại Việt Nam, hiện Indonesia là một trong những bạn hàng quan trọng của Việt Nam trong khối ASEAN và trong khu vực. Bên cạnh hoạt động xuất nhập khẩu hàng hoá, đến nay Việt Nam cũng đã khởi động một số dự án tại Indonesia trong lĩnh vực dầu khí. Đến nay, các doanh nghiệp Indonesia cũng đang đầu tư vào hoạt động sản xuất tại Việt nam với 14 dự án có tổng số vốn là 170 triệu USD, đứng hàng thứ 32/86 quốc gia và lãnh thổ đang đầu tư vào Việt Nam.