Doanh nghiệp xuất trình C/O để được xem xét mức thuế ưu đãi đặc biệt cho lô hàng có liên quan. Sau khi tiến hành kiểm tra , C/O không được chấp nhận vì không được cấp theo hình thức và nội dung đã được quy định, chẳng hạn như không thể hiện trị giá FOB trên C/O. Doanh nghiệp đề nghị cơ quan Hải quan cho phép nộp 1 bản C/O mới thay thế cho C/O có lỗi đã xuất trình trước đó (trong trường hợp nêu trên là C/O đã thể hiện giá FOB).
Hiện tại, Điều 9 phụ lục 7, Quyết định 19/2008/QĐ-BCT ngày 24/7/2008 của Bộ Công Thương quy định cho phép cấp C/O mẫu D mới để thay thế cho C/O mẫu D có lỗi. Như vậy, trường hợp C/O đã được xuất trình tại cơ quan Hải quan bị phát hiện có lỗi, cơ quan có thẩm quyền cấp C/O có thể cấp C/O mới thay thế cho C/O có lỗi. Tuy nhiên, trước khi Quyết định 19/2008/QĐ-BCT có hiệu lực thi hành, cơ quan Hải quan kiểm tra xuất xứ hàng hoá căn cứ các quy định tại Quyết định 1420/2004/QĐ-BTM ngày 4/10/2004, trong đó, không có quy định về việc cho phép cấp C/O mới thay thế cho C/O có lỗi cấp trước đó.
Hiện nay, Tổng cục Hải quan đang đề nghị Bộ Công Thương là cơ quan đầu mối về xuất xứ tham gia ý kiến để thống nhất cách xử lý đối với các trường hợp phát sinh tại thời điểm trước khi Quyết định 19/2008/QĐ-BCT có hiệu lực thi hành.