Thanh long được tiêu thụ chủ yếu tại thị trường Châu Á (chiếm tỷ trọng trên 80%), nhiều nhất là Đài Loan, kế tiếp là Hồng Kông, Thái Lan, Malaixia, Xingapo, Trung Quốc... Riêng Trung Quốc là thị trường tiêu thụ rất lớn thanh long Việt Nam, tuy nhiên số liệu xuất khẩu trực tiếp sang thị trườmg này đạt rất thấp do phương thức mua bán biên giới, không thống kê được số lượng và kim ngạch. Thị trường Châu Âu chiếm tỷ trọng 15-17%, trong đó chủ yếu là Hà Lan. Đối với thị trường Hoa Kỳ, chiếu xạ là một trong các yêu cầu bắt buộc để thanh long được nhập khẩu. Đối với thị trường Đài Loan, mặc dù khách hàng có nhu cầu rất lớn nhưng hàng của Việt Nam không xuất khẩu vào thị trường này được do lệnh cấm nhập khẩu thanh long Việt Nam vào thị trường Đài Loan được áp dụng kể từ ngày 1/3/2009 nếu như sản phẩm không được xử lý nhiệt trước khi xuất khẩu. Đối với thị trường khác, nhìn chung tình hình xuất khẩu vẫn bình thường, tuy nhiên do sản lượng thu hoạch giảm, giá trong nước tăng cao nên một số khách hàng không chấp nhận do đó số lượng xuất khẩu thanh long trong Quý I/2009 giảm so với cùng kỳ.
Khắc phục tình trạng trên, UBND tỉnh Bình Thuận cũng đề ra một số biện
pháp khắc phục trong việc xử lý kiểm dịch thanh long bằng chiếu xạ đang được áp dụng hiện hành và quy trình thu hoạch - vận chuyển hiện nay. Chiếu xạ là một trong các yêu cầu bắt buộc để sản phẩm được nhập khẩu vào thị trường Hoa Kỳ, tuy nhiên ở Việt Nam hiện nay do chỉ mới có nhà máy chiếu xạ của Công ty Cổ phần chế biến thủy sản Sơn Sơn được phía Hoa Kỳ chỉ định, nhưng do yêu cầu cấp bách hiện nay tại địa bàn tỉnh Bình Thuận cần phải đầu tư một nhà máy để xử lý chiếu xạ thanh long và các sản phẩm hàng hóa khác. Mặc khác, cần có đề tài nghiên cứu khoa học cấp quốc gia về cường độ chiếu xạ áp dụng trên trái thanh long để vừa đảm bảo điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm, vừa đảm bảo chất lượng sản phẩm sau khi chiếu xạ để không ảnh hưởng đến khâu bảo quản - tiêu thụ sản phẩm, vừa đảm bảo chất lượng sản phẩm sau khi chiếu xạ để không ảnh hưởng đến khâu bảo quản - tiêu thụ sản phẩm.
Hiện nay, Đài Loan vẫn đang tiếp tục yêu cầu phía Việt Nam phải xử lý nhiệt hoặc chiếu xạ sản phẩm trước khi xuất khẩu vào thị trường Đài Loan, vì vậy cần đàm phán đề miễn áp dụng rào cản kỹ thuật bằng phương pháp chiếu xạ hoặc xử lý nhiệt đến thời điểm thích hợp theo hướng sản phẩm đã được sản xuất theo quy trình an toàn VietGAP, EurepGAP và GlobalGAP và đã triển khai các biện pháp để phòng ngừa ruồi đục trái thanh long. Tại cuộc họp, Thứ trưởng Nguyễn Thành Biên chia sẻ những khó khăn về xuất khẩu thanh long ra thị trường nước ngoài của tỉnh Bình Thuận; đưa ra nhiều phương án và hướng cụ thể để khắc phục tình trạng trên. Thứ trưởng cũng đề nghị tỉnh nên đầu tư quảng bá rộng rãi trên những phương tiện thông tin đại chúng trong và ngoài nước về lợi ích của trái thanh long để tạo điều kiện thuận lợi, mở rộng xuất khẩu ra thị trường nước ngoài.