Tổng cục Hải quan ngày 1/7/2009 có văn bản số 3858/TCHQ-KTTT hướng dẫn Cục hải quan Quảng Ninh và Tập đoàn công nghiệp than và khoáng sản Việt Nam về truy thu thuế mặt hàng than xuất khẩu. Đối với phí thuê cầu nổi, căn cứ Luật thuế XNK, trên cơ sở tham khảo Incoterm 2000, trị giá tính thuế đối với hàng hoá xuất khẩu là giá bán tại cửa khẩu xuất không bao gồm phí vận tải quốc tế (F) và phí bảo hiểm quốc tế (I), theo đó trị giá tính thuế sẽ bao gồm tất cả các chi phí phát sinh trong việc đưa hàng lên tàu để xuất khẩu như chi phí vận tải nội địa, chi phí lưu kho, chi phí tại cảng, phí hoa hồng, phí dịch vụ và các phí có liên quan trong quá trình đưa hàng lên tàu để xuất khẩu. Vì vậy, phí thuê cầu nổi sẽ phải cộng vào trị giá tính thuế hàng hoá xuất khẩu.
Đối với phí vận tải tới cửa khẩu xuất, căn cứ Phụ lục F01/BCKT-TCHQ kèm theo công văn số 283/KTNN-TH ngày 14/11/2008 của Kiểm toán Nhà nước, đơn giá vận chuyển (đã bao gồm thuế GTGT) hàng XK từ cảng lẻ nội địa tới cửa khẩu xuất được dự tính là 26.379 VND/T. Tuy nhiên đơn giá này chỉ là ước tính, vì vậy Cục Hải quan Quảng Ninh căn cứ chứng từ, tài liệu cụ thể để xác minh cước phí vận tải áp dụng cho từng năm làm cơ sở cho việc truy thu thuế xuất khẩu mặt hàng than là đúng quy định. Đơn giá cụ thể áp dụng cho từng lô hàng, năm XK sẽ được xác định dựa trên các tài liệu xác minh thực tế.
Về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, đối với các hành vi diễn ra trong thời điểm Nghị định 100/2004/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì thực hiện theo quy định này, đối với các hành vi diễn ra trong thời điểm Nghị định 97/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì áp dụng quy định tại Nghị định 97, theo đó nếu kết quả kiểm tra có đủ căn cứ xác định DN có hành vi khai sai thì xử phạt theo đúng quy định.