Hiện nay, các doanh nghiệp chế xuất (DNCX) đang gặp nhiều khó khăn trong việc thanh lý phế liệu, phế phẩm, phế thải thuộc mặt hàng cấm NK. Theo quy định hiện hành, các DNCX không được thanh lý các phế liệu, phế phẩm, phế thải thu hồi trong quá trình sản xuất thuộc mặt hàng cấm NK không được bán vào thị trường nội địa. Phế liệu, phế phẩm, phế thải là tất yếu sinh ra trong quá trình sản xuất. Hiện tại hàng ngày các DNCX vẫn phải xử lý các phế liệu, phế phẩm, phế thải nếu không được phép bán vào thị trường nội địa thì DNCX không có xử lý khả thi, trong khi các DN nội địa có nhu cầu sử dụng các mặt hàng này để làm nguyên liệu sản xuất hoặc để tiếp tục khai thác sử dụng, nên cần khuyến khích xử lý, tái chế tất cả các loại phế liệu phát sinh từ quá trình sản xuất nhằm sử dụng tiết kiệm tài nguyên và hạn chế gây ô nhiễm môi trường.
Trong thực tế chưa có trường hợp DNCX nào thực hiện việc XK phế liệu, phế phẩm, phế thải ra nước ngoài. Mặt khác quy định này thực sự bất hợp lý và không công bằng với các DN khác không phải là DNCX.
Trong quý I/2009, Bộ Tài chính cũng như các bộ, ngành khác đã tổ chức các cuộc họp đối thoại với doanh nghiệp FDI. Tại các buổi đối thoại đó, các DNCX đã bày tỏ những khó khăn, vướng mắc trong việc thực hiện quy định hiện hành về việc bán phế liệu, phế phẩm vào nội địa.
Trước thực tế trên, Bộ Tài chính kiến nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường bổ sung các mặt hàng phế liệu, phế phẩm thoả mãn các quy định tại khoản 1 Điều 43 Luật Bảo vệ môi trường được phép NK.