Từ đầu năm đến nay, Chi cục đã làm thủ tục hải quan cho hơn 15.000 tờ khai hàng hoá xuất nhập khẩu; tổng kim ngạch hàng hoá xuất nhập khẩu đạt gần 410 triệu USD; thu nộp ngân sách nhà nước trên 68,6 tỷ đồng nhưng chưa để xảy ra sai sót, vướng mắc, được doanh nghiệp đánh giá là nhanh chóng, thuận lợi. Hiện nay, Chi cục đang tổ chức thực hiện các hoạt động nghiệp vụ theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000, trong đó phấn đấu hoàn thành các thủ tục hải quan với thời gian ngắn nhất. Cụ thể: đối với hồ sơ hàng hoá xuất, nhập khẩu thuộc luồng xanh, hoàn thành thủ tục trong vòng 20 và 25 phút; hồ sơ hàng hoá xuất nhập khẩu thuộc luồng vàng hoàn thành thủ tục với thời gian 40 và 60 phút; hàng hoá thuộc luồng đỏ là 3 giờ và 8 giờ.
Chi cục Hải quan Nam Định đã thực hiện công khai, đầy đủ, minh bạch chế độ chính sách của Nhà nước trong lĩnh vực hải quan; thực hiện quy trình thủ tục hải quan theo cơ chế một cửa. Hiện Chi cục đã trang bị đầy đủ máy tính, cài đặt và đưa vào sử dụng các phần mềm quản lý nghiệp vụ chuyên ngành; áp dụng các phần mềm trong việc quản lý và thanh khoản hàng gia công, hàng sản xuất xuất khẩu; lắp đặt máy vi tính tại nơi làm thủ tục để phục vụ doanh nghiệp khai báo hải quan, tiến tới triển khai lắp đặt hệ thống khai báo hải quan từ xa (điện tử)... Chi cục đã thành lập và duy trì Tổ giải quyết vướng mắc để trực tiếp giải quyết các phát sinh trong khi làm thủ tục hải quan; niêm yết số điện thoại đường dây nóng tại nơi làm thủ tục hải quan để doanh nghiệp tiện lợi trao đổi, giải quyết vướng mắc với các cấp; tổ chức hội nghị đối thoại giữa doanh nghiệp và hải quan để trao đổi, những vướng mắc từ hai phía, tìm biện pháp giải quyết.