Thông tư trên được áp dụng đối với việc xuất nhập khẩu hàng hoá qua các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các khu kinh tế cửa khẩu hiện đã có đủ các lực lượng hải quan, biên phòng, kiểm dịch và cơ sở kỹ thuật bảo đảm quản lý nhà nước.
Theo đó, hàng hoá được xuất nhập khẩu hợp pháp theo quy định hiện hành như nông sản, nguyên liệu chế biến thức ăn chăn nuôi, kim loại và phế liệu kim loại… cũng sẽ được xuất nhập khẩu qua các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các khu kinh tế cửa khẩu.
Riêng đối với hàng hoá là hoá chất công nghiệp, nguyên liệu thuốc lá, than mỡ và than cốc, chủ tịch uỷ ban nhân dân tỉnh biên giới có cửa khẩu phụ, lối mở biên giới được quyết định cho phép xuất nhập khẩu nhưng phải dựa trên cơ sở có sự đồng ý bằng văn bản của Bộ Công Thương.
Còn các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới nằm ngoài các khu kinh tế cửa khẩu chưa có đủ các lực lượng chức năng, chỉ cho phép hoạt động mua bán, trao đổi hàng hoá của cư dân biên giới theo quy định như hiện nay.
Thông tư trên cũng yêu cầu uỷ ban nhân dân các tỉnh có biên giới cần sớm lập danh mục các cửa khẩu phụ, lối mở biên giới đáp ứng được các quy định để thông báo cho Bộ Công Thương và công khai cho doanh nghiệp cùng các cơ quan hữu quan.