Các mặt hàng được siết chặt quản lý nhất vẫn là phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y và giống nông lâm thuỷ sản. Theo Thứ trưởng, các quy định tại thông tư sẽ nêu rõ các loại VTNN và an toàn thực phẩm NLTS nhập khẩu vào Việt Nam, trước khi đưa ra thị trường tiêu thụ hoặc sử dụng để chế biến phải kiểm tra về chất lượng, an toàn thực phẩm. Các mặt hàng thủy sản và các sản phẩm thủy sản nhập khẩu chỉ được đưa vào chế biến tại Việt Nam sau khi được cơ quan kiểm tra cấp giấy thông báo kết quả kiểm tra đạt yêu cầu. Phương thức kiểm tra được thực hiện theo nguyên tắc “đăng ký trước, kiểm tra sau”, tức là trước khi làm thủ tục hải quan, chủ hàng phải đăng ký kiểm tra đối với cơ quan kiểm tra cửa khẩu hoặc cơ quan kiểm tra sau thông quan tại địa bàn VTNN và NLTS được tập kết sau khi thông quan…
Tuy nhiên, Thứ trưởng cũng thừa nhận, việc áp dụng thông tư cho hàng hóa tiểu ngạch là điều rất khó làm và khó quản lý bởi địa bàn quá rộng, gây bất lợi cho doanh nghiệp, do vậy cần thiết phải có sự phối hợp với các bộ ngành liên quan để thống nhất thực hiện.