Về thủ tục hải quan:
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ nước ngoài đưa vào kho ngoại quan thực hiện theo điểm 4.1, khoản VII, mục 2 phần B Thông tư 112/2005/TT-BTC ngày 15/12/2005 của Bộ Tài chính.
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá từ kho ngoại quan đưa vào khu chế xuất: thực hiện theo đúng hướng dẫn tại điểm 5.1 khoản VII mục 2 Phần B Thông tư 112/2005/TT-BTC ngày 15/12/2005 của Bộ Tài chính áp dụng như đối với hàng hoá từ kho ngoại quan đưa ra nước ngoài.
Thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu của doanh nghiệp chế xuất thực hiện theo công văn hướng dẫn số 6690/TCHQ-GSQL ngày 28/11/2007 của Tổng cục Hải quan.
Về chính sách thuế:
Thuế XNK: Căn cứ điểm 3, mục II Phần A Thông tư 59/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính thì: hàng hoá từ kho ngoại quan đưa vào khu chế xuất thuộc đối tượng không chịu thuế.
Thuế GTGT: Căn cứ khoản 20 điều 5 Luật thuế GTGT số 13/2008/HQ12 thì hàng hoá mua bán giữa nước ngoài với các khu phi thuế quan và giữa các khu phi thuế quan với nhau (bao gồm cả giữa kho ngoại quan và khu chế xuất) thuộc đối tượng không chịu thuế.