Thủ tục hải quan thực hiện như hàng hoá nhập khẩu từ nước ngoài. Như vậy, trường hợp nêu trên chủ hàng được phép nhập khẩu vào nội địa để bán cho doanh nghiệp khác khi được sự đồng ý của Cục trưởng Cục Hải quan. Tuy nhiên, về chính sách thuế, đối với hàng xuất khẩu đưa vào kho ngoại quan, sau đó nhập trở lại nội địa chưa được quy định rõ.
Đối với hàng hoá xuất khẩu có xuất xứ thuần tuý Việt Nam, khi hàng xuất khẩu gửi kho ngoại quan thì cơ quan Hải quan đã chứng nhận thực xuất. Doanh nghiệp có thể sử dụng tờ khai để giải quyết chính sách thuế với cơ quan thuế nội địa. Do vậy, nếu có lý do chính đáng không thể xuất khẩu được thì: trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu trở lại từ kho ngoại quan cho chính doanh nghiệp thì cơ quan Hải quan căn cứ vào đơn đề nghị của doanh nghiệp để xác nhận lại việc thực xuất khẩu trên tờ khai hải quan; điều chỉnh thuế xuất khẩu theo thực tế xuất khẩu (nếu hàng có thuế), đồng thời lập công văn thông báo cho cơ quan thuế địa phương, nơi doanh nghiệp hoạt động để phối hợp giải quyết về chính sách thuế. Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu trở lại Việt Nam và bán cho doanh nghiệp khác thì việc xử lý thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp xuất khẩu gửi hàng vào kho ngoại quan như nêu trên. Còn doanh nghiệp mua lại hàng của doanh nghiệp đã xuất khẩu vào kho ngoại quan, Hải quan không quản lý vì đây là giao dịch mua bán nội địa.
Đối với hàng hoá xuất khẩu gửi kho ngoại quan có xuất xứ là hàng nhập khẩu, hoặc xuất xứ không thuần tuý là hàng nhập khẩu, căn cứ vào đơn của doanh nghiệp, cơ quan Hải quan thực hiện thủ tục như đối với hàng nhập khẩu. Chính sách thuế căn cứ vào bộ tờ khai nhập khẩu để giải quyết được hưởng mức thuế thuế suất. Trường hợp hàng hoá có nguồn gốc nguyên phụ liệu nhập khẩu đã qua gia công sản xuất tại Việt Nam thì áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi.