Tổng cục Hải quan cho biết, hai Cục Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh và Hải Phòng vẫn đang tiếp tục triển khai thủ tục hải quan tại các Chi cục Hải quan đã thành lập. Đối với 8 Cục Hải quan còn lại đã thành lập bộ máy chỉ đạo, triển khai và thực hiện thủ tục Hải quan điện tử tại đơn vị.
Trong đó, mỗi Cục đã lựa chọn các Chi cục và doanh nghiệp tham gia thực hiện thủ tục Hải quan điện tử trong giai đoạn đầu, phương án lựa chọn là những doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật, không nợ đọng thuế.
Mỗi Cục Hải quan sẽ chọn một chi cục triển khai loại hình hàng hóa kinh doanh để thí điểm trước, năm 2010 sẽ triển khai các loại hình khác cho tất cả các Chi cục hải quan. Về thứ tự triển khai sẽ là 4 Cục hải quan thực hiện trước là thành phố Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Đồng Nai, Bình Dương, tiếp theo là Hà Nội và Đà Nẵng. Cục Hải quan Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà Rịa-Vũng Tàu và Quảng Ngãi là 4 đơn vị triển khai cuối cùng.