Theo UBND Thành phố Hồ Chí Minh, qua thực tế kiểm tra tại các cảng trên địa bàn thành phố cho thấy hàng hóa lưu thông qua cảng đã trở lại bình thường, không có hiện tượng tắc nghẽn hàng hóa như những tháng 4, 5 năm 2008. Các cảng đã giải quyết dứt điểm hàng hóa tồn đọng. Ngoài những cố gắng tổ chức, sắp xếp điều phối bốc dỡ hàng hóa hợp lý, Ban giám đốc các công ty khai thác cảng còn có các biện pháp tác động khác thông qua chế tài đối với các trường hợp doanh nghiệp “cố tình” nhận hàng chậm. Mức thu này được các cảng không áp dụng thống nhất như nhau và cách chế tài cũng khác nhau. Trong khi đó, lấy lý do phải tăng chi phí kho bãi, hàng loạt hãng tàu biển như: T.S.Lines, Hãng tàu Heung-A Shipping, Hãng tàu Wan Hai Lines, Hãng tàu Hanjin Shipping, Hãng tàu KMTC Line, Trung tâm Vico Việt Nam… đồng loạt thông báo thu phí "tắc nghẽn cảng" tại thành phố Hồ Chí Minh với mức thu từ 50 USD/1 container 20 feet và 100 USD/1 container 40 feet. Việc bất ngờ có thêm loại phí này đã gây thêm khó khăn cho doanh nghiệp phải mất thêm từ 2.000 - 30.000 USD/tháng. Ngoài ra, từ ngày 15/7/2008, một số hãng tàu như TS Lines cũng chuẩn bị thu thêm phí THC (phí xếp dở container tại cảng), cụ thể mức thu từ 70 USD/1 container 20 feet và 105 USD/1 container 20 feet.
Các doanh nghiệp xuất nhập khẩu cho rằng việc áp các khoản chế tài đối với họ là không hợp lý, bởi việc tồn đọng hàng hóa tại cảng không hoàn toàn do lỗi của chủ hàng; mà còn do năng lực bốc dỡ của các cảng có nhiều hạn chế gây ra. Vì vậy, UBND Thành phố Hồ Chí Minh cũng đề nghị không áp dụng thu phí THC (phí xếp dỡ container tại cảng) vì các hãng tàu cũng chưa áp dụng khoản thu này trong khu vực các nước Châu Á nên không thể để các hãng tàu tự “đẻ” ra các khoản phí tạo thêm gánh nặng cho doanh nghiệp xuất nhập khẩu.
Để giải quyết dứt điểm những vướng mắc này, UBND Thành phố Hồ Chí Minh cũng kiến nghị Bộ Tài chính, Bộ Công Thương và Bộ Giao thông Vận tải làm việc với Hiệp hội các cảng biển, Hiệp hội doanh nghiệp, Hiệp hội giao nhận hàng hóa, Hiệp hội ngành nghề… cùng bàn bạc, trao đổi thống nhất một mức phụ thu cước phí nâng hàng, các loại phí cho phù hợp, đảm bảo được lợi ích của các hàng tàu, các doanh nghiệp xuất nhập khẩu và các cảng tại địa phương.