Các mặt hàng xuất khẩu của Việt Nam sang Nhật Bản gồm dầu thô (1 tỷ USD, chiếm 17,6% tỷ trọng xuất khẩu và tăng 36% so với năm 2006); hàng dệt may (835 triệu USD); dây cáp điện (763 triệu USD); thủy sản (555 triệu USD); đồ gỗ (229 triệu USD); than đá (197 triệu USD); giầy dép (181 triệu USD); sản phẩm nhựa (109 triệu USD); mạch in (101 triệu USD).
Trong buôn bán với Nhật Bản, Việt Nam vẫn đạt thặng dư thương mại với hơn 500 triệu USD. Theo nhận định của Thương vụ Việt Nam tại Nhật Bản, khả năng xuất siêu của Việt Nam có thể duy trì trong những năm tiếp theo do cơ cấu hàng xuất-nhập khẩu giữa Việt Nam và Nhật Bản mang tính chất bổ sung cho nhau. Việt Nam có khả năng xuất khẩu các mặt hàng nông sản, thủy sản, đồ gỗ, may mặc, giày dép, thủ công mỹ nghệ, trong khi Nhật Bản xuất khẩu máy móc, thiết bị điện, sản phẩm công nghệ cao, sắt thép, hóa chất, phục vụ tốt kế hoạch công nghiệp hóa, hiện đại hóa của Việt Nam.
Cơ cấu các mặt hàng xuất khẩu của ta sang Nhật Bản những năm gần đây cũng có sự thay đổi tương đối rõ rệt. Việt Nam đã xuất khẩu được hoa tươi, hàng may mặc cao cấp, thực phẩm chế biến, hàng công nghiệp nhẹ như máy cơ khí, đóng tàu... sang Nhật Bản. Cùng với sự gia tăng về mặt hàng xuất khẩu, tỷ lệ gia công nội địa trong sản phẩm giá trị gia tăng xuất khẩu ngày càng cao.
Nhằm đẩy mạnh hoạt động xuất khẩu sang Nhật Bản, trong thời gian tới, Thương vụ Việt Nam tại Nhật Bản sẽ xúc tiến xuất khẩu những mặt hàng mới như sản phẩm chế biến từ thịt (gồm xúc xích, giăm bông), đồng thời tiếp tục đẩy mạnh xuất khẩu hàng dệt may, thủ công mỹ nghệ và thủy sản sang Nhật Bản.