Do đó trong quá trình thực hiện, như tại Cục Hải quan Lạng Sơn, phát sinh một số vướng mắc khi làm thủ tục NK các loại hoá chất phải khai báo quy định tại Phụ lục V - Nghị định 108 nêu trên.
Liên quan đến việc thực hiện Nghị định số 108/2008/NĐ-CP, ngày 25/3/2009, Bộ Công Thương có công văn cho biết, trong khi chờ đợi xây dựng hệ thống quản lý tiếp nhận thông tin khai báo, báo cáo hoá chất qua mạng điện tử, Bộ Công Thương và các Sở Công Thương tiếp nhận hồ sơ khai báo theo quy định tại Mục B Thông tư số 12/2006/TT-BCN hướng dẫn thi hành Nghị định số 68/2005/NĐ-CP về an toàn hoá chất.
Cũng theo Bộ Công Thương, từ ngày 1/4/2009, Cục Hoá chất thuộc Bộ Công Thương sẽ xác nhận khai báo hoá chất NK như Giấy xác nhận khai báo hoá chất nguy hiểm.
Theo quy định tại điểm b, Khoản 3, Điều 18 Nghị định 108 thì “Tổ chức, cá nhân NK hoá chất có trách nhiệm khai báo bằng văn bản đến Bộ Công Thương trong thời gian 15 ngày làm việc, kể từ ngày thông quan hoá chất. Xác nhận đã khai báo hoá chất của Bộ Công Thương là một điều kiện để tổ chức, cá nhân được NK hoá chất lần tiếp theo”.
Như vậy, Nghị định 108 chưa quy định thời hạn cơ quan tiếp nhận khai báo hoá chất (Bộ Công Thương) phải trả lời cho DN là trong thời hạn bao nhiêu ngày để cơ ưquan Hải quan có căn cứ yêu cầu DN xuất trình giấy xác nhận của Bộ Công Thương để giải quyết cho các lô hàng NK tiếp theo. Nếu DN NK mặt hàng hoá chất (lô thứ nhất), DN đã khai báo với Bộ Công Thương trong thời gian 15 ngày làm việc, nhưng chưa nhận được Giấy xác nhận khai báo hoá chất thì cũng mặt hàng đó DN NK lô tiếp theo (có thể nhập sau lô thứ nhất vài ngày hoặc nhập sau 15 ngày làm việc kể từ khi lô thứ nhất được thông quan) thì cơ quan Hải quan có làm thủ tục NK cho DN không? Nếu có thì cần phải thực hiện như thế nào?
Cũng theo Cục Hải quan Lạng Sơn, một số DN ký hợp đồng với số lượng lớn, NK nhiều lần trong thời gian dài thuộc hoá chất phải khai báo đã chủ động khai báo trước với Bộ Công Thương trước khi NK, trường hợp này khi DN xuất trình Giấy xác nhận khai báo hoá chất của Bộ Công Thương thì có cần cấp “Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hoá” hay không? Những lô hàng NK tiếp theo khi NKDN có phải khai báo hoá chất với Bộ Công Thương nữa không? Nếu có thì Bộ Công Thương có cấp Giấy xác nhận đã khai báo hoá chất nữa không?
Trường hợp DN làm thủ tục NK hoá chất phải khai báo lô hàng trước tại Chi cục này và lô hàng sau tại Chi cục khác trực thuộc Cục hoặc tại các Cục Hải quan tỉnh, thành phố khác nhau nếu DN cố tình trốn tránh không khai báo với Bộ Công Thương thì việc quản lý, kiểm tra Giấy xác nhận đã khai báo hoá chất của DN này thực hiện như thế nào? Theo Cục Hải quan Lạng Sơn thì tại Chi cục làm thủ tục không thể tra cứu, kiểm tra nếu DN đã NK hoá chất phải khai báo tại các đơn vị khác.