Để thông quan hàng hoá XNK nhanh chóng, HQ Lạng Sơn đã áp dụng tỷ lệ miễn kiểm tra thực tế đối với hàng hoá XK đạt trên 90% và đối với hàng nhập khẩu đạt khoảng 80% được thông quan trong ngày. Do áp lực về thời gian thông quan hàng hoá phải nhanh chóng, đúng quy định, ngày 1/7/2008, Tổng cục Hải Quan và Cục Hải Quan Lạng Sơn đã quyết định thành lập Phòng trị giá tính thuế và Trung tâm dữ liệu và Công nghệ thông tin trực thuộc Cục HQ Lạng Sơn. Hai phòng chức năng này đi vào hoạt động đảm bảo cung cấp thông tin cho các cửa khẩu làm cơ sở để hoàn tất thủ tục HQ, đáp ứng yêu cầu thông quan hàng hoá nhanh chóng tại cửa khẩu.