Năm 2009 vừa qua, do ảnh hưởng từ suy thoái kinh tế thế giới, nên xuất khẩu thủy sản gặp nhiều khó khăn, làm ảnh hưởng đến tốc độ thu mua cá nguyên liệu. Vào tháng 1/2009, giá cá tra được thương lái mua tại ao chỉ khoảng 13.000đồng/kg đối với cá thịt vàng, 14.000đồng/kg đối với thịt trắng. Đến tháng 2/2009 giá cá bắt đầu có chiều hướng tăng thêm được khoảng 1.000đồng/kg, xem như chỉ đủ duy trì sản xuất.
Vào cuối quý II/2009, giá tiếp tục tăng, đạt khoảng 16.000đồng/kg. Tuy nhiên với mức giá trên người nuôi chỉ có mức lãi khoảng 1.000đồng/kg. Theo Sở Nông nghiệp & PTNT An Giang, thì giá thành nuôi cá tra trong nửa đầu năm 2009 dao động từ 14.800 - 15.300đồng/kg. Sau đó, giá cá tra giảm dần cho đến tháng 7/2009 quay về mốc đầu năm, tức chỉ còn khoảng 14.000 đồng/kg. Giá cá giảm trong thời gian dài nên diện tích nuôi thuỷ sản trong năm cũng giảm. Cụ thể trong năm 2009 diện tích nuôi cá là 2.506 ha, bằng 91,1% so với cùng kỳ năm 2008 giảm 271 ha.
Sau cả một năm chịu đựng nhiều đợt giảm giá, đầu năm 2010, xuất khẩu cá tra mới có dấu hiệu phục hồi trở lại. Vì thế giá cá cũng được cải thiện. Hiện nay, giá được thương lái mua tại ao, dao động từ 15.000 16.000đồng/kg, cao hơn khoảng 2.000 đồng/kg so với mức giá hồi đầu năm. Với giá trên người nuôi đã có lãi từ 700 - 1.200đồng/kg.
Giá cá tăng do thị trường xuất khẩu được mở rộng. Theo Hiệp hội chế biến và xuất khẩu thuỷ sản Việt Nam, sau 4 tháng, xuất khẩu cá tra của nước ta mới đạt tăng trưởng dương trở lại và trong tháng 11/2009 ước tăng 30,2% về lượng và 10,5% về giá trị so với cùng kỳ năm ngoái.
Tại buổi tổng kết các doanh nghiệp xuất khẩu cá tra vào thị trường Nga ngày 05/01/2010, Ban Điều hành xuất khẩu cá tra vào thị trường Nga cho biết: Dù thời gian được phép tái xuất khẩu vào thị trường Nga chỉ có hơn 6 tháng, nhưng kim ngạch xuất khẩu cá tra vào thị trường này tăng mạnh, đạt hơn 40.000tấn, đạt giá trị hơn 70 triệu USD. Theo kế hoạch của các doanh nghiệp Việt Nam, trong năm 2010, sẽ xuất khẩu khoảng 60.000 tấn cá sang Nga.