Ngành tôm Indonesia không phải đối mặt với Hội chứng tôm chết sớm (EMS) mặc dù ở ngay gần Malaysia, nước bị tàn phá nặng nề bởi dịch bệnh này. Năm 2006, virut gây bệnh hoại tử cơ (IMNV) tấn công ngành tôm Indonesia. Virut này được tìm thấy ở trong tôm ở Indonesia giống tới 99,6% so với loại virut gây bệnh này ở Brazil. Nhiều khả năng cho thấy có thể lây từ tôm NK từ Brazil.
Sau kinh nghiệm đối mặt với IMNV, Indonesia đã xây dựng quy định về kiểm dịch quốc gia để bảo vệ ngành khỏi lây nhiễm dịch bệnh từ nguồn NK. Nước này kiểm soát nghiêm ngặt nguồn tôm giống (tôm bố mẹ và tôm post) NK vào nước này. Với quy định kiểm dịch này đã giúp Indonesia thoát khỏi EMS.
Ngoài ra, người nuôi tôm Indonesia chú ý tới việc giữ ao nuôi đảm bảo vệ sinh. Theo họ, bùn tích tụ ở đáy ao ảnh hưởng lớn đến chất lượng nước. Các thức ăn thừa dễ bị cuốn vào các khu vực này và gây ra ô nhiễm. Vì vậy, người nuôi tôm thường thay nước cho ao nuôi thậm chí một số hộ nuôi còn làm việc này 5-6 lần/ngày.