Nguyên nhân chính là do việc vận chuyển quặng apatit bằng đường sắt trên tuyến phía Tây không đủ đáp ứng nhu cầu nguyên liệu cho các nhà máy. Theo đó, trong 16 ngày đầu tháng 3, vận chuyển quặng chỉ đạt 21716 tấn quặng apatit các loại, đáp ứng gần 43% nhu cầu cho Công ty Supe Phốt Phát và Hoá chất Lâm Thao. Tương tự như vậy, ngành đường sắt mới đáp ứng chưa được 30% nhu cầu quặng cho sản xuất của Công ty Phân bón Miền Nam.Đáng chú ý, có những ngày, ngành đường sắt chỉ bố trí được 5 toa/55 toa theo hợp đồng chở quặng cho Supe Phốt phát và Hoá chất Lâm Thao.
Theo VINACHEM, hiện tượng quặng tồn kho tại các nhà máy này rất thấp, chỉ đủ để sản xuất cầm chừng trong 4-5 ngày. Trong khi đó, đây là thời kỳ cao điểm về sản xuất phân bón phục vụ sản xuất đông xuân 2008. Chính vì vậy, lượng phân bón dự trữ, nhất là phân chứa lân chỉ bằng 45% so với cùng kỳ năm 2007. Tổng số phân lân chế biến dự trữ tính đến nay chỉ là 26.389 tấn; phân NPK là 51176 tấn và phân đạm urê là 8.940 tấn.