Tuy thị trường và kim ngạch xuất khẩu lớn, nhưng sản phẩm cá của Việt Nam mới tiếp cận ở khâu trung gian, hầu hết mang thương hiệu của khách hàng khi đến tay người tiêu dùng. Đặc biệt, cá tra của Việt Nam có số lượng xuất khẩu lớn, nhưng khi Xk ra nước ngoài lại mang nhiều tên gọi khác nhau. Phần lớn doanh nghiệp không có khả năng, kỹ năng đầu tư đúng cho việc xây dựng và phát triển thương hiệu.
Về quy chuẩn quốc tế, hiện tại Việt Nam đã có trên 300 doanh nghiệp xuất khẩu thuỷ sản đạt tiêu chuẩ về Hệ thống phân tích mối nguy và kiểm soát điểm tới hạn (HACCP), 209 doanh nghiệp được công nhận đạt tiêu chuẩn EU và lần đầu tiên EU trở thành thị trường lớn (tương đương thị trường Nhật) trong việc xuất khẩu thuỷ sản; có uy tín cao với cơ quan thẩm quyền của Mỹ, Nhật, Trung Quốc, Hàn Quốc. Theo Chủ tịch Hiệp hội Thuỷ sản, sở dĩ mặt hàng thuỷ sản tạo được uy tín trên thị trường XK là do các DN theo đuổi chủ trương đáp ứng các tiêu chuẩn, chuẩn mực của thị trường từ hơn chục năm trước nay; thành lập cơ quan thẩm quyền kiểm soát an toàn vệ sinh...Bên cạnh đó, đối với công tác phát triển thị trường, các doanh nghiệp đổi mới cách thức xúc tiến thương mại, chuyển từ tiếp thị thụ động sang chủ động; tham gia hội chợ; các diễn đàn quốc tế...
Tuy vậy, vẫn còn một số tồn tại khiến hàng thuỷ sản XK còn bị trả về do chưa đáp ứng tiêu chuẩn quốc tế. Cụ thể, các doanh nghiệp đáp ứng tiêu chuẩn ở khâu chế biến, nhưng lại khó khăn trong việc kiểm soát tiêu chuẩn ở khâu sản xuất và lưu thông nguyên liệu. Nhiều tiêu chuẩn của Việt Nam đã lạc hậu, chất lượgn thuỷ sản không ổn định, chưa đáp ứng được yêu cầu truy xuất nguồn gốc và các yêu câù mới của các nước về môi trường và bảo vệ nguồn lợi; bất cập trong mô hình tổ chức quản lý của nhà nước trong việc ban hành tiêu chuẩn, kiểm tra và công nhận.