Tại cuộc họp, các đại biểu tập trung thảo luận tình hình thực hiện kết quả Hội nghị lần thứ nhất Bộ trưởng Ngoại giao các nước Tiểu vùng sông Mê Công và Nhật Bản diễn ra tại Tôkiô (Nhật Bản) tháng 1/2008; vấn đề đẩy mạnh hợp tác giữa các nước Tiểu vùng sông Mê Công với Nhật Bản; đánh giá những tiến triển mới nhất trong hợp tác hành lang kinh tế Đông-Tây (Việt Nam- Lào- Thái Lan), hành lang kinh tế Nam-Nam (Cam-pu-chia- Thái Lan- Việt Nam).
Hội nghị cũng thảo luận khả năng thiết lập các biểu mức lệ phí chung về thương mại, đầu tư, du lịch trong các khu vực hành lang kinh tế trên nhằm tạo thuận lợi tối đa cho phát triển kinh tế xã hội, giao thương hàng hoá giữa các nước trong tiểu vùng thông qua quĩ hỗ trợ của Nhật Bản-ASEAN với tổng trị giá 20 triệu USD.
Hội nghị nhấn mạnh tầm quan trọng của sự hợp tác giữa các nước trong tiểu vùng, cũng như giữa các nước này với Nhật Bản, coi đây là yếu tố quan trọng thúc đẩy phát triển kinh tế các nước thành viên mới của ASEAN và thu hẹp khoảng cách phát triển kinh tế trong nội khối ASEAN, hướng tới mục tiêu xây dựng Cộng đồng kinh tế ASEAN.