Biểu thuế được ban hành dựa trên cơ sở pháp lý là Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện giữa Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á (viết tắt là ASEAN) và Nhật Bản ký ngày 26/3/2008 tại Sing-ga-po, ngày 31/3/2008 tại In-đô-nê-xi-a, ngày 1/4/2008 tại Việt Nam, ngày 2/4/2008 tại Phi-líp-pin, ngày 3/4/2008 tại Bru-nây, ngày 4/4/2008 tại Lào, ngày 7/4/2008 tại Cam-pu-chia, ngày 10/4/2008 tại My-an-ma, ngày 11/4/2008 tại Thái Lan, ngày 14/4/2008 tại Ma-lay-xia, ngày 28/4/2008 tại Nhật Bản và được Thủ tướng Chính phủ nước ta phê duyệt tại công văn số 1346/TTG-QHQT ngày 15/8/2008, áp dụng cho tờ khai hải quan nhập khẩu đăng ký với cơ quan Hải quan từ ngày ngày 01/12/2008.
Biểu thuế bao gồm 8.873 dòng thuế được phân loại theo cấp độ 12 số và được xây dựng trên cơ sở Biểu thuế ưu đãi hiện hành (theo AHTN 2007). Bao bồm 3 cột lớn là “Mã hàng hóa”, “Mô tả hàng hóa” và “Thuế suất AJCEP”. Cột “Thuế suất AJCEP” gồm có:
-01/12/2008-31/3/2009: là mức thuế suất áp dụng từ ngày 01/12/2008 đến hết ngày 31/3/2009;
- 01/4/2009-31/3/2010: là mức thuế suất áp dụng từ ngày 01/4/2009 đến hết ngày 31/3/2010;
- 01/4/2010-31/3/2011: là mức thuế suất áp dụng từ ngày 01/4/2010 đến hết ngày 31/3/2011;
- 01/4/2011-31/3/2012: là mức thuế suất áp dụng từ ngày 01/4/2011 đến hết ngày 31/3/2012.
Các mặt hàng có thuế suất được cắt giảm và xóa bỏ trong giai đoạn 2008-2012 này chủ yếu là các mặt hàng công nghiệp làm nguyên liệu sản xuất trong nước như: hóa chất, dược phẩm, dệt may, điện tử, giấy, sắt thép, ô tô và máy móc. Các mặt hàng này có mức thuế MFN thấp hoặc bằng 0%. Đến năm 2012 có khoảng 28,4% dòng thuế được xóa bỏ thuế quan.
Hàng nhập khẩu được hưởng thuế ưu đãi đặc biệt là hàng nằm trong Biểu thuế này, được nhập khẩu vào Việt Nam từ các nước mà Hiệp định đối tác kinh tế toàn diện ASEAN - Nhật Bản đã có hiệu lực (tại Bru-nây ngày 01/01/2009, tại Ma-lay-xi-a ngày 01/02/2009, tại Lào, My-an-ma, Sing-ga-po và Nhật Bản đều vào ngày 01/12/2008 và sẽ được bổ sung thêm theo thông báo của Bộ Tài chính), được vận chuyển thẳng từ các nước đó đến Việt Nam theo quy định của Bộ Công thương, có Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa ASEAN - Nhật Bản (C/O mẫu AJ) theo quy định của Bộ Công thương.
Nếu các doanh nghiệp nhập khẩu từ Nhật Bản đủ điều kiện về xuất xứ ngoài việc sẽ được hưởng thuế suất theo lộ trình cắt giảm và xóa bỏ thuế quan trong thời gian tới ra, còn được hoàn số thuế đã nộp thừa do chênh lệch giữa mức thuế phải nộp trước đây với mức thuế quy định trong Biểu thuế này (với điều kiện phải thỏa mãn các quy định đã nêu ở trên và được bổ sung C/O mẫu AJ và các chứng từ có liên quan khác làm căn cứ tính lại số thuế phải nộp và phải làm các thủ tục hoàn thuế theo quy định của pháp luật).
Như vậy, sau khi Biểu thuế ưu đãi đặc biệt ASEAN - Nhật Bản chính thức có hiệu lực thì số thu ngân sách nhà nước sẽ có ảnh hưởng nhất định do: Thuế suất MFN bình quân các năm 2010, 2011, 2012 không thay đổi so với năm 2009 (ở mức 11,36%) trong khi thuế suất bình quân của AJCEP các năm 2009-2012 tương ứng là 12,04%, 11,19%, 10,3%.