Quyết định số 33/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng ban hành cơ chế, chính sách tài chính đối với khu kinh tế cửa khẩu (KKTCK) quy định cụ thể những ưu đãi về thuế XNK, thuế tiêu thụ đặc biệt cụ thể như sau:

Hàng hoá từ khu phi thuế quan thuộc KKTCK XK ra nước ngoài hoặc NK từ nước ngoài vào khu phi thuế quan thuộc KKTCK và chỉ sử dụng trong khu phi thuế quan, hàng hoá đưa từ khu phi thuế quan này sang khu phi thuế quan khác không phải nộp thuế XNK.

Hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu phi  thuế quan thuộc KKTCK khi XK ra nước ngoài được miễn thuế XK.

Nguyên liệu, vật tư NK để phục vụ sản xuất của dự án đầu tư trong KKTCK được miễn thuế NK trong thời hạn 5 (năm) năm, kể từ ngày bắt đầu sản xuất. Việc phân loại chi tiết nguyên liệu, vật tư làm căn cứ miễn thuế thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Công Thương.

Bán thành phẩm trong nước chưa sản xuất được NK để phục vụ sản xuất của dự án đầu tư trong KKTCK được miễn thuế NK trong thời hạn 5 (năm) năm, kể từ ngày bắt đầu sản xuất. Việc xác định bán thành phẩm trong nước chưa sản xuất được làm căn cứ miễn thuế thực hiện theo danh mục do Bộ Kế hoạch và Đàu tư ban hành.

Hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu phi thuế quan không sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm NK từ nước ngoài khi NK vào nội địa Việt Nam được miễn thuế NK; trường hợp có sử dụng nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm NK từ nước ngoài thì khi NK vào nội địa Việt Nam phải nộp thuế NK tính trên  phần nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm NK cấu thành trong hàng hoá đó. Việc xác định thuế NK phải nộp đối với  phần nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm NK từ nước ngoài cấu thành trong hàng hoá nhập vào nội địa Việt Nam thực hiện như sau:

Trường hợp tổ chức, cá nhân NK vào nội địa đã có đăng ký với cơ quan Hải quan về danh mục hàng hoá NK sử dụng làm nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm sản xuất hàng NK vào nội địa và định mức nguyên liệu, vật tư, linh kiện bán thành phẩm dùng để sản xuất hàng NK trước khi nhập vào nội địa Việt Nam thì việc xác định thuế NK phải nộp căn cứ vào số lượng, mức thuế suất và giá tính thuế của phần nguyên liệu, vật tư, linh kiện, bán thành phẩm NK từ nước ngoài cấu thành trong hàng hoá.

Trường hợp không xác định được số thuế NK theo quy định tại điểm a khoản này thì thuế NK được tính theo mức thuế suất và giá tính thuế của mặt hàng sản xuất, gia công, tía chế, lắp ráp NK vào nội địa Việt Nam tại thời điểm mở tờ khai hải quan.

Hàng NK vào khu phi thuế quan thuộc KKTCK để sản xuất còn thừa và còn giá trị thương mại thì được bán vào nội địa Việt Nam và phải nộp thuế NK theo quy định.

Đối với hàng hoá sản xuất, gia công, tái chế, lắp ráp tại khu phi thuế quan nằm trong KKTCK nếu đủ điều kiện áp dụng thuế suất thuế NK ưu đãi hoặc thuế NK ưu đãi đặc biệt thì được áp dụng thuế suất thuế NK đó theo quy định của pháp luật thuế XNK.

Hàng hoá thuộc diện chịu thuế TTĐB được sản xuất, tiêu thụ trong khu phi thuế quan thuộc KKTCK hoặc NK từ nước ngoài và từ nội địa Việt Nam vào khu phi thuế quan thuộc KKTCK không phải chịu thuế TTĐB; riêng ôtô dưới 24 chỗ ngồi phải nộp thuế TTĐB theo quy định.

Hàng hoá thuộc diện chịu thuế TTĐB từ khu phi thuế quan thuộc KKTCK XK ra nước ngoài không phải chịu thuế TTĐB.