Theo các doanh nghiệp, công văn 15448/BTC-TCT do Thứ trưởng Bộ Tài chính Đỗ Hoàng Anh Tuấn ký ngày 2-11-2009 có nội dung quy định “đối với phần chênh lệch giữa giá bán cước và giá mua cước vận tải quốc tế thì áp dụng mức thuế suất giá trị gia tăng là 10%” là không hợp lý.
Việc áp dụng thuế 10% tính theo chênh lệch giữa giá mua cước và bán cước gây ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp, bởi nó liên quan đến cạnh tranh trong giá cước.
Ngoài ra, quy định này cũng không phù hợp với Luật thuế giá trị gia tăng, quy định mức thuế này là 0% cho cước vận tải quốc tế. Các doanh nghiệp trong ngành này dẫn chứng thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với cước vận tải quốc tế áp dụng giữa các hãng tàu, hãng hàng không vẫn là 0%.