Hàng hoá nhập khẩu có thể được cơ quan Hải quan kiểm tra trước xuất xứ. Nếu hàng hoá không thuộc diện phải nộp chứng nhận xuất xứ hàng hoá (C/O) thì cơ quan Hải quan chỉ kiểm tra việc khai xuất xứ trên tờ khai hải quan. Ngược lại, nếu phải nộp C/O thì cơ quan Hải quan sẽ kiểm tra sơ bộ các tiêu chí trên C/O. Căn cứ vào mức độ rủi ro thì hồ sơ về hàng hoá sẽ được kiểm tra một cách chi tiết hơn.
Về việc xác định xuất xứ hàng hóa nhập khẩu, đối với hàng hóa được hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt (theo quy định của pháp luật Việt Nam và các điều ước quốc tế mà Việt Nam đã ký hoặc tham gia), hàng được áp dụng thuế suất ưu đãi, thuế suất thông thường... thì thực hiện theo các quy định hiện hành. Đối với hàng hóa nhập khẩu đang ở trong thời điểm Việt Nam áp dụng thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ giá; các biện pháp tự vệ, hạn ngạch thuế quan, hạn chế số lượng thì việc kiểm tra xuất xứ thực hiện theo thông báo của Bộ Công thương và các cơ quan có thẩm quyền.
Quy định cũng đưa ra biện pháp xử lý đối với đề nghị chậm nộp C/O của doanh nghiệp. Tại khâu kiểm tra thực tế hàng hoá, cơ quan Hải quan kiểm tra xuất xứ bằng cách đối chiếu với thực tế của hàng hoá, thông tin ghi trên bao bì, nhãn mác.
Khi có khiếu nại, thời gian trả lời vướng mắc được quy định là 3 ngày làm việc tại cấp Cục và 5 ngày làm việc tại cấp Tổng cục. Nếu cần có sự hỗ trợ của cơ quan cấp C/O nước ngoài thì thời gian giải quyết căn cứ vào quy định của từng hiệp định được ký kết. Đồng thời, để đảm bảo cho việc kiểm tra xuất xứ thống nhất và nhanh chóng, cơ quan Hải quan sẽ phải hoàn thiện cơ sở dữ liệu về xuất xứ hàng hoá để cung cấp thông tin cho các đơn vị trong Ngành và cộng đồng doanh nghiệp.
Quy định này sẽ bắt đầu có hiệu lực thi hành từ ngày 1.8.2009.