Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP), gần 1 năm sau khi thực hiện Nghị định 36/2014/NĐ-CP (NĐ 36) về nuôi, chế biến và xuất khẩu sản phẩm cá tra, hầu hết các doanh nghiệp đồng tình với quyết tâm của Chính phủ về việc tái cấu trúc ngành cá tra theo hướng phát triển bền vững, tăng giá trị. 

Tuy nhiên, cũng chính vì bất cập của quy định đã dồn doanh nghiệp xuất khẩu vào khó khăn khi áp dụng thủ tục đăng ký hợp đồng xuất khẩu cùng với việc quy định cứng nhắc về độ ẩm và tỷ lệ mạ băng.
Theo VASEP, để có được “Giấy đăng ký hợp đồng xuất khẩu sản phẩm cá tra”, các doanh nghiệp phải mất trung bình 3 ngày theo hình thức thư tín truyền thống. 
Trong khi đó, không thể ngoại trừ khi một số trường hợp hợp đồng xuất khẩu thay đổi số lượng hàng hóa, khi thủ tục bị chậm sẽ dẫn tới việc trễ lịch tàu chạy.
Tính đến giữa tháng 5/2015, giá trị xuất khẩu cá tra đã giảm 9,3%, nếu tiếp tục đà này cho tới cuối năm, kim ngạch xuất khẩu sẽ còn giảm mạnh hơn nữa. 
Đây là mức sụt giảm mạnh nhất kể từ 10 năm trở lại đây.
Về vấn đề này, đại biểu Quốc hội Đinh Xuân Thảo (Đoàn Đại biểu Quốc hội TP. Hà Nội) chất vấn Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn rằng tại sao Hiệp hội VASEP và cộng đồng doanh nghiệp đã nhiều lần kiến nghị tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp mà đại diện Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn vẫn giữ nguyên quan điểm? 
"Đề nghị Bộ trưởng cho biết, tại sao Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn vẫn chưa thực hiện đề xuất sửa đổi Nghị định số 36/2014/NĐ-CP? Bao giờ Bộ thực hiện để tháo gỡ khó khăn cho ngành cá tra Việt Nam?", đại biểu Đinh Xuân Thảo nói.
Trên website Chính phủ, Đại diện Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trả lời, Nghị định số 36/2014/NĐ-CP của Chính phủ đã đưa ra khung pháp lý quan trọng để đưa việc sản xuất, chế biến, xuất khẩu cá tra vào nề nếp, bước đầu đã tạo ra sự chuyển biến trong nhận thức cũng như thực tiễn.
Việc đăng ký xuất khẩu là cần thiết để giám sát thực hiện các chính sách khác của Nghị định.
Theo đề nghị của nhiều doanh nghiệp, Chính phủ đã đồng ý hoãn thi hành riêng điều khoản về độ ẩm và mạ băng. Tuy vậy, hầu hết doanh nghiệp đều ủng hộ phải có quy định ngăn ngừa việc lạm dụng phụ gia để làm tăng độ ẩm, lạm dụng mạ băng, làm mất uy tín sản phẩm cá tra của Việt Nam.
Hiện nay Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đang phối hợp nghiên cứu đề xuất sửa đổi các quy định này theo hướng đưa ra các tiêu chí và lộ trình thực hiện phù hợp với yêu cầu của thị trường để trình Chính phủ trong năm 2015.
Theo thống kê của Tổng cục Hải quan, tính đến thời điểm hiện tại, diện tích thả nuôi cá tra công nghiệp ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long ước tính đạt 3975 ha, giảm 6% so với cùng kỳ năm 2014. 
Các tỉnh, thành phố có diện tích nuôi cá tra công nghiệp giảm: An Giang đạt 768 ha, giảm 0,3%; Cần Thơ đạt 650 ha, giảm 10%; Bến Tre đạt 544 ha, giảm 13,2%; Vĩnh Long đạt 440 ha, giảm 10%. Sản lượng cá tra 6 tháng ước tính đạt 561 nghìn tấn, tương đương cùng kỳ năm trước.
Một số địa phương có sản lượng cá tra giảm so với cùng kỳ: Tiền Giang đạt 199,8 nghìn tấn, giảm 1,3%; Bến Tre đạt 92,6 nghìn tấn, giảm 3,7%; Vĩnh Long đạt 47,2 nghìn tấn, giảm 8,5%. 
Một chuyên gia trong ngành nhấn mạnh, trong xu thế hội nhập khi Việt Nam đang đàm phán và sẽ ký nhiều Hiệp định thương mại tự do khi phần lớn các doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản quy mô vừa, nhỏ và rất nhỏ thì thủ tục hành chính này gây mất thời gian và đi ngược với nỗ lực ủng hộ cho xuất khẩu.