Năm 2007, Chính phủ Inđônêxia đã đình chỉ giấy phép của 250 doanh nghiệp xuất khẩu thủy sản sang EU do không đáp ứng được các tiêu chuẩn chất lượng theo yêu cầu của thị trường này. Hiện tại, chỉ còn 133 doanh nghiệp đạt "tiêu chuẩn loại A" được phép xuất khẩu thuỷ sản sang EU.
Chính phủ nước này đã ngưng cấp thêm giấy phép mới ngay sau khi đoàn thanh tra EU đến thanh tra các nhà máy chế biến thuỷ sản của nước này.
Một quan chức ngành thuỷ sản Inđônêxia cho biết việc đình chỉ giấy phép xuất khẩu sẽ không ảnh hưởng tới kim ngạch xuất khẩu của nước này bởi thị trường xuất khẩu đã được mở rộng sang Trung Quốc và Trung Đông.
Năm 2007, kim ngạch xuất khẩu thuỷ sản của Inđônêxia đạt 2,3 tỉ USD và dự kiến sẽ tăng tới 2,6 tỉ USD năm nay.