Theo Tổng Giám đốc phụ trách chế biến và kinh doanh thuỷ sản của Cục Hàng hải và Nghề cá Inđônêxia (DKP), Martani, 4 loài thuỷ sản được phép xuất khẩu dưới dạng nguyên con là: cá chỉ vàng (kuwe), cá cờ (layaran), tôm sông (scampi) và cá ngừ albacore (albaqora). 4 loài khác sẽ được phép xuất khẩu đến ngày 1/7/2009 là; cá ngừ vằn (jakalang), cá hồng đỏ (kakap merah), cá mú (kakap putih) và cá hố (layur). Những loài cá này được phép xuất khẩu dưới dạng nguyên con, vì ngành chế biến Inđônêxia vẫn chưa chế biến tốt.
14 loài trước kia được phép xuất khẩu dưới dạng nguyên con gồm: cá ngừ vây xanh, cá ngừ vây xanh miền Nam, cá ngừ vây vàng, vá ngừ mắt to trọng lượng trên 30kg hoặc dài trên 80cm, cá dìa, cá hố, cá chim đen, cá chim trắng, bạch tuộc, cá chàm bụng đỏ, tôm hùm, tôm hùm đá trọng lượng trên 250g, cá hồi lưng gù và cá song trọng lượng dưới 300g.
Các loài thuỷ sản khác phải chế biến tại Inđônêxia để phát triển ngành chế biến thuỷ sản trong nước vốn phát triển chậm do thiếu nguyên liệu. Ngành này chỉ hoạt động 52% công suất. Phần lớn sản lượng khai thác để xuất khẩu do vậy khó tăng tỷ lệ chế biến gia tăng trong nước. Ngành chế biến của nước này bị hạn chế do mạng lưới phân phối kém. Các nhà máy chế biến tập trung chủ yếu ở Java, trong khi hoạt động khai thác lại ở những vùng khác của đất nước. Ngành chế biến thiếu nguyên liệu còn do không trả giá cạnh tranh bằng giá xuất khẩu.
Năm 2007, xuất khẩu thuỷ sản của Inđônêxia đạt khoảng 900.000 tấn, trị giá 2,3 tỷ USD, trong đó sản phẩm chế biến chỉ chiếm dưới 50%.