Cấu trúc Nghị định số 90/2021/NĐ-CP gồm 02 phần: Phần lời văn của Nghị định (gồm 09 Điều, cụ thể: Phạm vi điều chỉnh (Điều 1); Đối tượng áp dụng (Điều 2); Danh mục hàng hóa có xuất xứ từ CHDCND Lào theo Hiệp định thương mại Việt Nam - Lào (Điều 3); Hàng hóa nhập khẩu được áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt 0% (Điều 4); Hàng hóa nhập khẩu được hưởng ưu đãi giảm 50% thuế suất ATIGA (Điều 5); Hàng hóa nhập khẩu không được hưởng ưu đãi thuế quan khi nhập khẩu vào Việt Nam (Điều 6); Hàng hóa nhập khẩu áp dụng chế độ hạn ngạch thuế quan (Điều 7); Điều kiện được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo Hiệp định thương mại Việt Nam – Lào (Điều 8); Tổ chức thực hiện (Điều 9) và 03 phụ lục (Phụ lục I - Danh mục hàng hóa được hưởng ưu đãi giảm 50% thuế suất ATIGA của Việt Nam theo Hiệp định thương mại Việt Nam – Lào; Phụ lục II - Danh mục hàng hóa không được hưởng ưu đãi thuế quan theo Hiệp định thương mại Việt Nam – Lào; Phụ lục III - Danh mục hàng hóa được hưởng chế độ hạn ngạch thuế quan hằng năm theo Hiệp định thương mại Việt Nam – Lào) ban hành kèm theo Nghị định.
Trong đó, Phụ lục I ban hành kèm theo Nghị định gồm 14 dòng thuế (AHTN2017 theo cấp độ 8 số) tương ứng với các mặt hàng như trứng chim và trứng gia cầm, nguyên vỏ, sống, đã bảo quản hoặc làm chính; lúa gạo; và đường mía hoặc đường củ cải và đường sucroza tinh khiết về mặt hóa học ở thể rắn; áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt giảm 50% thuế suất ATIGA của Việt Nam theo quy định tại Điều 5 của Nghị định.
Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định gồm 385 dòng thuế (AHTN2017 theo cấp độ 8 số) sẽ không được hưởng ưu đãi thuế quan theo HĐTM Việt Nam - Lào khi nhập khẩu vào Việt Nam theo quy định tại Điều 6, chủ yếu là các mặt hàng hạt thuốc phiện; các sản phẩm thuốc lá và phế liệu lá thuốc lá; nhiên liệu khoáng, dầu khoáng và các sản phẩm chưng cất từ chúng, các chất chứa bi-tum, các loại sáp khoáng chất; phế thải dược phẩm, thuốc điều trị ung thư, HIV/AIDS hoặc các bệnh khó chữa; chất nổ, các sản phẩm pháo, diêm, các hợp kim tự cháy, các chế phẩm dễ cháy khác và một số sản phẩm hóa chất khác; cao su và các sản phẩm bằng cao su; xe trừ phương tiện chạy trên đường sắt hoặc đường tàu điện, và các bộ phận và phụ kiện của chúng; vũ khí và đạn, các bộ phận và phụ kiện của chúng.
Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định gồm 13 dòng thuế (AHTN2017 theo cấp độ 8 số) lá thuốc lá chưa chế biến; phế liệu lá thuốc lá và 3 dòng thuế lúa gạo (AHTN2017 theo cấp độ 8 số) được hưởng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt 0% đối với lượng nằm trong hạn ngạch được quy định tại Phụ lục III. Cụ thể: Hạn ngạch nhập khẩu lá thuốc lá chưa chế biến và phế liệu thuốc lá là 3.000 tấn/năm; Hạn ngạch nhập khẩu gạo là 70.000 tấn/năm.
Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký.