Tổng cục Hải quan có văn bản số 3132/TCHQ-GSQL hướng dẫn thực hiện các trường hợp C/O mà DN đã xuất trình không thể hiện trị giá FOB nhưng đã được chấp nhận và lô hàng hưởng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt. Theo đó, đối với các C/O vẫn còn hiệu lực, DN có thể nộp C/O được cấp mới, thay thế cho C/O cấp trước đó hoặc giấy xác nhận của tổ chức cấp C/O bổ sung trị giá FOB. Đối với các trường hợp nơi cấp đã phát hành C/O mới cấp thay thế mặc dù C/O cấp lần đầu đã hết hiệu lực thì chấp nhận bản thay thế này, vì về bản chất, việc cấp mới hay gửi thư xác nhận đều cùng nhằm mục đích bổ sung tiêu chí trị giá FOB.
Đối với các C/O đã hết hiệu lực thì chấp nhận giấy xác nhận của tổ chức cấp chứng thực về trị giá FOB.
Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có phát sinh các trường hợp C/O không có trị giá FOB gửi bản sao các C/O không hợp lệ để Tổng cục tổng hợp, gửi thư yêu cầu các cơ quan cấp của nước XK xác nhận và sẽ thông báo khi có kết quả xác minh chính thức. Bản file điện tử (scan) các C/O phải được gửi lên Tổng cục trước ngày 15/6/2009 và đảm bảo được rõ nét để cơ quan có thẩm quyền cấp C/O liên quan có thể tiến hành kiểm tra hồ sơ và xác minh. Trong trường hợp DN muốn trực tiếp liên hệ với cơ quan cấp C/O để có giấy xác nhận bổ sung trị giá FOB, đề nghị Cục hải quan các tỉnh, thành phố hướng dẫn DN yêu cầu cơ quan cấp C/O gửi bản xác nhận đến Tổng cục để tổng hợp và hướng dẫn xử lý chung.
Tổng cục Hải quan cũng yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố tăng cường kiểm tra chấn chỉnh công tác kiểm tra C/O của các cán bộ công chức hải quan để tránh xảy ra các trường hợp chấp nhận C/O không hợp lệ.