Cơ quan này đã thành lập 1 bộ phận kiểm soát nguồn lợi thủy sản và các sản phẩm chế biến thông qua tờ khai hải quan, đồng thời đảm bảo các tàu khai thác thủy sản phải tuân theo các thủ tục thông quan chính thức.
Kể từ ngày 1/1/2009, tất cả thủy sản khai thác ở vùng độc quyền kinh tế của Nga đều phải khai báo với hải quan. Thủ tục thông quan đối với các tàu khai thác sẽ không kéo dài quá 3 giờ. Sau khi hoàn tất thủ tục, thủy sản khai thác ở vùng biển của Nga có thể xuất khẩu ra nước ngoài.
Bằng việc đưa ra các quy định mới này, Cơ quan thủy sản Nga dự kiến sẽ thu lại khoảng 200 - 300 tấn thủy sản mà trước đây thường được cung cấp cho nước ngoài không khai báo.