Phó Tổng Thư ký VFA Hoàng Cảnh cho biết: Quyết định 109/BTC có hiệu lực từ ngày 1/12/2008. Như vậy Quyết định 109 đã sửa sai cho CV 11270, nhưng sửa sai không triệt để. DN phải nộp thuế XK gỗ theo CV 11270 từ ngày 23/9 đến ngày 30/11, những DN nào chưa nộp nhưng, được cho nợ thì tiếp tục trả nợ. Một văn bản đã sai, đã sửa thì phải sửa cho hết. Nếu không sửa triệt để sẽ không công bằng, vì DN nào xuất hàng trong khoảng thời gian đó là phải chịu thuế XK 10%, còn những DN nào nán lại... là thoát.
Nếu thu thuế sản phẩm gỗ XK theo CV 11270 thì rõ ràng là hàng dệt may, da giày, hạt điều... nghĩa là hàng XK chế biến từ nguyên liệu NK đều phải thu thuế. Như vậy là bất hợp lý vì DN nhập nguyên liệu về gia công, tiền lãi chẳng bao nhiêu nhưng đã tạo hàng triệu việc làm, nộp thuế TNDN...
Các doanh nghiệp vẫn kiến nghị, các cảng phía Nam chưa đáp ứng yêu cầu XNK hàng hóa, cơ sở hạ tầng, giao thông kém, chậm thời gian... thế nhưng đề ra nhiều loại phí, mức phí tùy tiện... Các đại lý hãng tàu và hãng tàu còn tùy tiện hơn, tự đẻ ra nhiều loại phí như phí chứng từ, phí đại lý, phí vệ sinh container, phí sửa chữa container.... Giữa HQ và Cảng biển chưa phối hợp tốt: Cảng biển thì hạ cont từ chỗ này chuyển chỗ khác, hạ cont ở trên cao xuống dưới đất để kiểm hóa. Cứ mỗi lần chuyển cont là DN phải trả tiền phí nâng hạ. Thiết nghĩ phải rà soát thống nhất các loại phí, mức phí và phải công khai cho các DN chủ hàng biết.
Bên cạnh đó, việc áp dụng CNTT trong ngành HQ chưa đáp ứng nhu cầu thực tế DN. Theo QĐ 929/QĐ-TCHQ ngày 25/5/2006, thì các DN phải đăng ký tờ khai HQ XK và NK bằng khai báo từ xa, thực hiện thanh khoản hồ sơ nguyên phụ liệu trên phần mềm quản lý nguyên phụ liệu NK Ecus. Tuy nhiên, chương trình phần mềm quản lý HQ chưa đáp ứng kịp thời và đầy đủ.
Mặt khác, Chương trình xuất nhập ủy thác của loại hình sản xuất XK, chương trình khấu trừ giảm giá, chiết khấu thương mại, các khoản khấu trừ... chưa có trong phần mềm ngành HQ đang sử dụng. Khi DN trao đổi vấn đề này với HQ và Cty viết phần mềm cho ngành HQ, họ cũng chưa biết cách giải quyết. Để tiến đến điện tử hóa ngành HQ, phải thực hiện dần từng bước. Chỉ áp dụng bắt buộc khi cơ sở hạ tầng hoạt động tốt, đủ trình độ, các quy định chính sách không mâu thuẫn nhau.