Thông tư gồm 13 Điều trong đó hướng dẫn thi hành Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ- CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ về việc áp dụng cơ chế thỏa thuận trước về phương pháp xác định giá tính thuế (APA) trong quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.
Đối tượng áp dụng là: Tổ chức sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ là người nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo phương pháp kê khai, thực hiện giao dịch với các bên có quan hệ liên kết và có đề nghị với cơ quan thuế về việc áp dụng APA. Các bên có quan hệ liên kết được quy định tại Điều 5 Nghị định số 132/2020/NĐ- CP; Tổng cục Thuế và Cục Thuế; Cơ quan nhà nước, tổ chức, cá nhân khác có liên quan đến việc áp dụng APA trong quản lý thuế.
Giao dịch được đề nghị áp dụng APA: Là các giao dịch liên kết được quy định tại Khoản 2, Điều 1 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP.
Giao dịch được đề nghị áp dụng APA phải đáp ứng đồng thời các điều kiện:
Giao dịch thực tế đã phát sinh trong hoạt động sản xuất kinh doanh của người nộp thuế và sẽ tiếp tục diễn ra trong giai đoạn đề nghị áp dụng APA.
Giao dịch có cơ sở để xác định được bản chất giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế và có cơ sở để phân tích, so sánh, lựa chọn đối tượng so sánh độc lập theo quy định tại Điều 6 và Điều 7 Nghị định số 132/2020/NĐ-CP, dựa trên các thông tin, dữ liệu tuân thủ quy định tại Điểm b, Khoản 6 Điều 42 Luật Quản lý thuế.
Giao dịch không thuộc trường hợp có tranh chấp, khiếu nại về thuế; Giao dịch được thực hiện minh bạch, không nhằm mục đích trốn, tránh thuế hoặc lợi dụng Hiệp định thuế.
Nguyên tắc áp dụng APA: APA được áp dụng trên nguyên tắc cơ quan thuế và người nộp thuế hoặc cơ quan thuế Việt Nam và cơ quan thuế đối tác và người nộp thuế cùng hợp tác, trao đổi, đàm phán về việc áp dụng các quy định pháp luật về thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các giao dịch liên kết thuộc phạm vi APA phù hợp với các nguyên tắc giao dịch độc lập và nguyên tắc bản chất hoạt động, giao dịch quyết định nghĩa vụ thuế.
Trong thời gian thực hiện APA, người nộp thuế có trách nhiệm tuân thủ các điều kiện tại APA đã được ký kết và thực hiện việc điều chỉnh thu nhập chịu thuế phù hợp với mức giá hoặc tỷ suất lợi nhuận hoặc tỷ lệ phân bổ lợi nhuận đã được quy định tại APA để thực hiện khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định; Đồng thời có trách nhiệm lập và nộp các báo cáo APA thường niên cho từng năm tính thuế và báo cáo đột xuất (nếu có) trong giai đoạn hiệu lực của APA đã ký két theo quy định tại Khoản 7, Điều 41 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP; Người nộp thuế có hành vi vi phạm hành chính về thuế trong quá trình thực hiện APA đã ký sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.
Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 03/8/2021 thay thế Thông tư số 201/2013/TTBTC ngày 20/12/2013 của Bộ Tài chính.