Ngay từ khi dự thảo Luật, Uỷ ban 9/11 không khuyến nghị quét 100% container vào Mỹ dù đây là nội dung được nêu rõ trong Luật 9/11. Về kỹ thuật, việc quét hàng hoá bao gồm kiểm tra bằng hình ảnh (bởi tia phóng xạ) và tạo ra một hình ảnh của toàn bộ hàng hoá chứa trong container. Bộ trưởng An ninh nội địa (DHS) có quyền trì hoãn áp dụng quyết định này trong thời hạn hai năm nếu hệ thống máy soi chưa sẵn sàng và khả năng phát hiện của hệ thống thấp, hoặc các cảng biển nước ngoài chưa đủ khả năng lắp ráp được một hệ thống máy soi.
Trước thời điểm Luật được thông qua, DHS và cơ quan Hải quan và Bảo vệ biên giới Mỹ (CBP- thuộc DHS) đã có nhiều sáng kiến về kiểm soát container và giảm thiểu rủi ro của hơn 12 triệu container vào Mỹ hàng năm. Thực tế, đã có nhiều ý kiến lo ngại về việc vận chuyển vũ khí khủng bố vào Mỹ bằng container. Những lo ngại này là có thực vì sự phức tạp và khối lượng khổng lồ các container vận chuyển hàng ngày trên toàn thế giới. Năm 2002, CBP đưa ra chương trình đối tác Hải quan- Doanh nghiệp chống khủng bố (C-TPAT) vốn là một chương trình tuân thủ tự nguyện mà các doanh nghiệp chủ động đảm bảo an ninh và giảm thiểu khả năng lợi dụng container để vận chuyển vũ khí giết người hàng loạt. Tham gia chương trình này, nhà nhập khẩu Mỹ cam kết rằng họ có những nhà cung cấp và vận chuyển hàng hoá từ nước ngoài đáng tin cậy. Bên cạnh đó, sáng kiến an ninh container (CSI) cũng cho phép CBP cử thanh tra Hải quan sang các cảng biển nước ngoài có lưu lượng lớn hàng hoá xuất khẩu vào Mỹ. CBP có quyền yêu cầu các hãng vận tải gửi trước thông tin về hàng hoá chậm nhất là 24 giờ trước khi hàng đến Mỹ. Quy định này cho phép CBP có thể kiểm tra thông tin và quyết định trọng điểm kiểm tra. CSI hiện đang được áp dụng tại 58 cảng biển lớn trên thế giới.
Tháng 10/2006, Quốc hội Mỹ tiếp tục thông qua Luật An toàn và tin cậy cho các cảng biển (hay còn gọi là Luật SAFE). Luật này bổ sung yếu tố an toàn của dây chuyền cung cấp và cảng biển. Yêu cầu soi kiểm tra 100% hàng hoá tại cảng nước ngoài đã được thảo luận để đưa vào Luật này nhưng yêu cầu này không được thể hiện trong bản dự thảo cuối cùng. Các doanh nghiệp của Mỹ không thống nhất với quyết định này bởi lo ngại dòng hàng hoá vào Mỹ sẽ bị ảnh hưởng. Thêm vào đó, các doanh nghiệp cũng cho rằng DHS và CBP đã có những biện pháp cần thiết trong khuôn khổ C-TPAT và CSI đủ đảm bảo an ninh dây chuyền thương mại gắn với việc thu thập thông tin trước khi hàng hoá đến Mỹ. Cuối cùng, DHS đã dung hoà dư luận bằng cách dự thảo Luật với quy định DHS có thể chấp nhận phương pháp kiểm tra bằng máy soi tại ba cảng ở nước ngoài.
Cho đến nay, vẫn còn nhiều ý kiến khác nhau xung quanh quy định kiểm tra 100% container vào Mỹ. Đa số các doanh nghiệp không đồng tình vì tin rằng có nhiều biện pháp khác có thể được áp dụng mà không làm ảnh hưởng tới dòng chảy của hàng hoá và công nghệ hiện nay không đủ để quét container với hiệu quả mong muốn. Hầu hết các chuyên gia đều đồng ý với nhận định trên. Tuy nhiên, giới chức Mỹ thì vẫn tiếp tục bảo lưu quan điểm của mình với nhận định nếu có một vụ nổ phóng xạ xuất phát từ container thì sẽ làm tê liệt toàn bộ giao dịch thương mại không chỉ tại một cảng biển mà có thể là toàn bộ khu vực.
Việc ứng dụng công nghệ tiên tiến trong kiểm soát biên giới là hoàn toàn cần thiết. Tuy nhiên, chính phủ Mỹ cần lựa chọn giải pháp phù hợp với tình hình thực tế của các nước đối tác chiến lược và thương mại. Do đó, Luật kiểm tra 100% container vào Mỹ chưa thể được triển khai và cần phải chờ đợi hai năm nữa mới có thể được thực hiện đầy đủ theo quy định (2010). Trong khoảng thời gian đó, hy vọng rằng khoảng cách về công nghệ và phát triển sẽ được thu hẹp để giúp quy định này được thực thi với hiệu quả cao nhất. Đây cũng là một trong những nội dung khuyến nghị của Tổ chức Hải quan Thế giới đưa ra liên quan đến việc Mỹ áp dụng Luật này trong thương mại quốc tế.